Точна дата заснування такої визначної пам’ятки, як Флоровській монастир невідома, проте письмові джерела указують на те, що Флоровській монастир існував ще до спустошення Києва – столиці Київської Руси Менглі-гирєєм в 1482 році.
Так в грамоті від 1566 р. польського короля Сигизмунда ІІ київському воєводі князеві Костянтину Острожському мовитися про закріплення за протопопом Яковом Гулькевічем має рацію утримувати монастир, що існував раніше, при церкві cв. Флора і Лавра, а також здійснювати в нім службу по грецькому звичаю – православні богослужіння.
Вже на початку XVIII століття за наказом Петра I до Флоровському монастирі був приєднаний Вознесенській жіночий монастир (почала XVII століття). З тих пір і до 1920-х років у Флоровськом монастирі знаходилася чудотворна Руденськая ікона Божієй Матері.
В обителі Флоровського монастиря було 5 кам’яних храмів: Вознесенській собор, побудований в 1722 – 1732 гг.; Трапезний, такий, що складається з 2-х поверхів на місці згорілого стародавнього дерев’яного Флоровського храму; Воськресенській храм, побудований в 1811 г.; Казанський храм, побудований в 1841 р. і Свято-троицкий кладовищенський храм з прибудовою на честь Ахтирськой ікони Богородиці, побудований в 1857 році.
Флоровській монастир ставав центром не тільки релігійного життя Києва, але і центром освіти і культури. Так, наприклад, в 1870 р. при Флоровськом монастирі було відкрито училище для дівчаток з бідних сімей різних станів. Крім того, з кінця XIX в., тут існували богадільня і лікарня на 10 ліжок.
В 1929 році Флоровській монастир був закритий. У 1934 р. був зруйнований храм Св. Трійці на монастирському кладовищі. Але вже в 1942 році Флоровській монастир відкрився і більше не закривався.
Сьогодні у Флоровськом монастирі проходять богослужіння. Всі храми (окрім зруйнованого Свято-троицкого) повернені Флоровському монастирю. Казанський храм Флоровськой обителі був відновлений. Флоровській монастир, як і раніше, є сьогодні своєкоштним.